第一章 總則
第一條 為保護和合理利用水產種質資源，加強水產品種選育和苗種生產、經營管理，提高水產苗種質量，維護水產苗種生產者、經營者和使用者的合法權益，促進水產養殖業持續健康發展，根據《中華人民共和國漁業法》及有關法律法規，制定本辦法。
第二條 本辦法所稱的水產苗種包括用于水產繁育、增養殖(栽培)生產和科研試驗的水產動植物的親本、稚體、幼體、受精卵、孢子及其遺傳育種材料。
第三條 在中華人民共和國境內從事水產種質資源開發利用，品種選育、培育，水產苗種生產、經營、管理、進口、出口活動的單位和個人，應當遵守本辦法。珍稀、瀕危水生野生動植物及其苗種的管理按有關法律.
第四條 農業部負責全國水產種質資源和水產苗種管理工作。縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門負責本行政區域內的水產種質資源和水產苗種管理工作。

第二章 種質資源保護和品種選育
第五條 國家有計劃地搜集、整理、鑒定、保護、保存和合理利用水產種質資源。禁止任何單位和個入侵占和破壞水產種質資源。
第六條 國家保護水產種質資源及其生存環境，并在具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁殖區域建立水產種質資源保護區。未經農業部批準，任何單位或者個人不得在水產種質資源保護區從事捕撈活動。
建設項目對水產種質資源產生不利影響的，依照《中華人民共和國漁業法》第三十五條的規定處理。
第七條 農業部和省級人民政府漁業行政主管部門有計劃地組織水產種質資源的國際交流。任何單位或個人向境外提供和從境外引進水產種質資源的，應當經農業部批準。單位或個人在引進時應將適量的種質資源送交指定機構供保存和利用。
第八條 省級以上人民政府漁業行政主管部門根據水產增養殖生產發展的需要和自然條件及種質資源特點，合理布局和建設水產原、良種場。經農業部或省級人民政府漁業行政主管部門批準的原、良種場負責保存或選育種用遺傳材料和親本，向水產苗種繁育單位提供親本。
第九條 用于雜交生產商品苗種的親本必須是純系群體。對可有的雜交種不得用作親本繁育。養殖可育的雜交個體和通過生物工程等技術改變遺傳性狀的個體及后代的，其場所必須建立嚴格的隔離和防逃措施，禁止將其投放于河流、湖泊、水庫、海域等自然水域。
第十條 國家鼓勵和支持水產優良品種的選育、培育和推廣。縣級以上人民政府漁業行政主管部門應當有計劃地組織科研、教學和生產單位選育、培育水產優良新品種。
第十一條 農業部設立全國水產原種和良種審定委員會，對水產新品種進行審定。對審定合格的水產新品種，經農業部批準并正式命名后方可推廣。

第三章 生產和進出口管理
第十二條 依照《漁業法》第十六條第三款規定申請審批的水產苗種生產單位和個人應當具備下列條件：
(一)有固定的生產場地，水源充足，水質符合漁業用水標準；
(二)用于繁殖的親本來源于原、良種場，質量符合種質標準；
(三)生產條件和設施符合水產苗種生產技術操作規程的要求；
(四)有與水產苗種生產和質量檢驗相適應的專業技術人員。
第十三條 省級人民政府漁業行政主管部門負責原、良種場水產苗種生產審批，其他單位和個人水產苗種生產的審批權限由省級人民政府漁業行政主管部門規定。審批機關應當自收到全部申請資料之日起三十個工作日內作出審批決定。對不予批準的，應當說明理由，并書面告知申請者。
第十四條 水產苗種生產單位和個人應當按照審批的范圍、種類等進行生產。需要變更生產范圍、種類的，應當向原審批機關辦理變更手續。
第十五條 水產苗種的生應當遵守農業部制定的生產技術操作規程，保證苗種質量。前款規定的審批有效期限為三年。期滿需延期的，應當于期滿三十日前向原審批機關是出申請，辦理續展手續。
第十六條 禁止在水產苗種繁殖、棲息地從事采礦、挖沙、爆破、排放污水等破壞水域生態環境的活動。對水域環境造成污染的，依照《中華人民共和國水污染防治法》和中華人民共和國海洋環境保護法》的有關規定處理。在水生動物苗種主產區引水時，應當采取措施，保護苗種。
第十七條 重要水產苗種的進口、出口由農業部審批，其他水產苗種的進口、出口由省級人民政府漁業行政主管部審批。審批名錄由農業部另行制定。
第十八條 進口水產苗種的質量，應當達到國家標準或者行業標準。沒有國家標準或者行業標準的，可以按照合同約定的標準執行。
第四章 檢驗和檢疫
第十九條 縣級以上人民政府漁業行政主管部門應當制定水產苗種病害防治計劃，加強對水產苗種病害的防治工作。
第二十條 縣級以上人民政府漁業行政主管部門可以委托有關質量檢驗機構對水產苗種的質量進行檢驗。承擔水產苗種質量檢驗的機構應當具備相應的檢測條件和能力；并經省級以上人民政府漁業行政主管部門考核合格。
第二十一條 水產苗種質量檢驗機構應當配備水產苗種質量檢驗員。水產苗種質量檢驗員應當具備以下條件：
(一)具有相關專業中等專業技術學校畢業以上文化水平；
(二)從事水產苗種檢驗技術工作三年以上；
(三)經省級以上人民政府漁業行政主管部門考核合格。
第二十二條 縣級以上人民政府漁業行政主管部門應當加強對水產苗種的產地檢疫。國內異地引進水產苗種的，應當先到當地漁業行政主管部門辦理檢疫手續，經檢疫合格后方可運輸和銷售。檢疫人員應當按照檢疫規程實施檢疫，對檢疫合格的水產苗種出具檢疫合格證明。
第二十三條 水產苗種的進、出口必須實施檢疫，防止病害傳入境內和傳出境外，具體檢疫工作按國家有關規定執行。

第五章 附則
第二十四條 本辦法所用術語的含義：
(一)原種：指取自模式種采集水域或取自其他天然水域的野生水生動植物種，以及用于選有的原始親體。
(二)良種：指生長快、品質好、抗逆性強、性狀穩定和適應一定地區自然條件，并適用于增養殖(栽培)生產的水產動植物種。
(三)雜交種：指將不同種、亞種、品種的水產動植物進行雜交獲得的后代。
(四)品種：指經人工選育成的，遺傳性狀穩定，并具有不同于原種或同種內其他群體的優良經濟性狀的水生動植物。
(五)稚、幼體：指從孵出后至性成熟之前這一階段的個體。
(六)親本：指已達性成熟年齡的個體。
第二十五條 違反本辦法的規定應當給予處罰的，依照《中華人民共和國漁業法》等法律法規的有關規定給予處罰。
第二十六條 轉基因水產苗種的選育、培育、生產、經營和進出口管理，應當同時遵守《農業轉基因生物安全管理條例》及國家其他有關規定。
第二十七條 本辦法由農業部負責解釋。
第二十八條 本辦法自發布之日起施行。1992年6月9日農業部發布的《水產種苗管理辦法》同時廢止。